令和2年9月3日以降、商業登記のオンライン申請でDocuSign（ドキュサイン）で電子署名したPDFファイルも利用できるようになっています。
法務省：商業・法人登記のオンライン申請について (moj.go.jp)
DocuSign（ドキュサイン）のオンライン申請での利用に当たっては３つの注意点があります。
１．EU Advanced署名方式（オプション）であること
２．ファイルは統合してダウンロードしない
３．全ての登記情報には使えない
４．上書きで電子署名できない場合がある
注意点１：EU Advanced署名方式（オプション）であること
現時点（2023/04/17）で法務局にてオンライン申請で認められている電子署名は、DocuSignのうち、EU Advanced署名方式で電子署名を付与したものに限られています。
DocuSignでEU Advanced署名方式を利用した電子署名を付与するには、通常プランに加入するだけでなく、オプションでEU Advanced署名方式を追加する必要があります。
なお、ウェブサイトからお申し込みいただいたプラン（Personal、StandardまたはBusiness Pro）では EU Advanced 署名方式はご利用いただけません。高度なソリューションをご契約いただいた上で、オプションとして EU Advanced 署名方式を追加していただく必要があります。詳細につきましては、弊社営業担当までご連絡ください。
電子証明書を利用した電子署名「EU Advanced」とは – ドキュサイン (docusign.jp)
そのうえで、EU Advanced署名方式で電子署名を付与する必要があります。
そのためには、署名またはイニシャルをフィールドに配置しなければならない点にご注意下さい（印鑑のみだと不可）。
EU Advanced署名ご利用時の注意点 (docusign.jp)
注意点２：ファイルは統合してダウンロードしない
すべてのPDFを統合 または 結合されたPDF を選択してダウンロードするとEU Advanced電子署名が反映されないため、すべて 2ファイル または、文書 1 PDF を選択して、ダウンロードを実行する必要があります。
署名パネルに電子署名した役員名が表示されているか確認ください。
EU Advanced署名ご利用時の注意点 (docusign.jp)
注意点３：全ての登記添付情報には使えない
現時点（2023/04/17）でDocuSign（EU Advanced）利用が認められている商業登記の添付情報は、書面の場合に実印が不要な書類に限られています。
例えば、取締役会議事録（取締役会設置会社の代取選定）の代表者の電子署名や登記の委任状には使えません。
法務局発行の商業登記電子証明書やマイナンバーカードを併用する必要が生じる点にご注意下さい。
注意点４：上書きで電子署名できない場合がある
代表取締役選定の取締役会議事録等、実印が必要となる書類を電子署名で送付するには、その他に分類される電子署名サービスで電子署名をしたのちに、商業登記電子証明書やマイナンバーカード等で代表者が上書きで電子署名を付与する必要があります。
しかしながら、DocuSign（EU Advanced方式）で電子署名したファイルをダウンロードしたあと、当該ファイルをAdobe Acrobat等で電子署名を行おうとすると、ロックがかかっているため、商業登記電子証明書等での電子署名が上書きできない場合があります（パネルの「デジタル署名」がクリックできない）。
この場合は、DocuSignでの電子署名済みファイルに対して、「申請用総合ソフト」を用いてXML方式で上書き署名するか、司法書士専用サービスの「RSS-SR」を用いて上書きで電子署名を行う必要があります。
