概要
本記事では、税制適格ストックオプション（SO）の権利行使価額変更（新株予約権の内容変更）の登記に必要な手続きを概観し、申請書例・添付書類例・登録免許税・登記事項等を示します。
なお、実際に税制適格SOの権利行使価額を変更する際には、税理士・公認会計士等の専門家とも十分に協議のうえ進めてください。
背景
令和5年7月7日、租税特別措置法通達の改正に伴い発表された、国税庁『ストックオプションに対する課税（Q＆A）』により、税制適格SOの権利行使価額を引き下げる契約変更を行った場合でも、要件を満たせば、税制適格SOとして認められる旨が明示されました。
その要件は、「通達改正後に権利行使価額を引き下げる契約変更を行った場合で、かつ、当該契約変更後の権利行使価額が同通達に定めた権利行使価額に関する要件を満たしているとき」とされ、「契約変更後の権利行使価額が、付与決議で定めた権利行使価額に反することとなる場合には、権利行使価額を変更する決議も必要」と示されています（下掲画像・出典URL参照）。
（参考）ストックオプションに対する課税（Q＆A）問10
なお、本Q&Aの問10では、あくまで元々、税制適格の要件を満たすSOの権利行使価額の変更についての言及であって、SOの内容を税制”非”適格から税制適格に変更できる旨を示したものではない点には留意ください。
手続
- ①新株予約権発行機関での決議
- ②（株主総会特別決議）
- ③（種類株主総会特別決議）
- ④新株予約権者の同意
- ⑤（新株予約権変更契約の締結）
①新株予約権発行決議をした機関で決議
（株主総会or取締役会or取締役決定）
通説では、新株予約権の発行決議をした機関において、当該新株予約権の内容を変更する旨の決議を行うとされています（「商業登記ハンドブック（第4版）」358頁 等）。
なお、新株予約権の内容の変更を株主総会で決議する場合は、当初の発行時と同様の手続が要求されるとの見解があるため、特別決議としておくのがよいでしょう。
②（有利発行となる場合）株主総会特別決議
新株予約権の内容の変更により、株主以外の者に対し特に有利な条件となるとき（有利発行）は、株主総会の特別決議が必要です（「新株予約権ハンドブック（第5版）」82頁、「商業登記ハンドブック（第4版）」360頁）。
③（種類株主総会が必要な場合）種類株主総会特別決議
会社法238条4項（新株予約権の目的である種類株式が譲渡制限株式、かつ、種類総会不要の定款の定めがないとき）、108条1項8号（拒否権付種類株式があるとき）、322条1項5号（株主割当てで種類株主に損害を及ぼすおそれがあるとき、かつ、種類総会不要の定款の定めがないとき）等。
④（原則）新株予約権者全員の同意
新株予約権の内容変更は、一方的に会社の機関決定があるだけでは足りず、その内容に新株予約権者の同意が必要と解するのが原則とされています（「新株予約権ハンドブック（第5版）」81頁）。
ただし、権利行使価額の下方修正は、新株予約権者側にとって何らの不利益要素を伴わない修正であれば、発行会社側としては、権利内容の決定につき権限がある機関の決定で可能との見解（「株式会社法（第8版）」821頁）もあります。
とはいえ、新株予約権者全員に何らの不利益要素を伴わない修正であるかどうかを一概に判別でき兼ねるときは、同意書をとっておくことが無難でしょう（法務局からも大概求められます）。
⑤（必要な場合）新株予約権者と変更契約書の締結
原初の新株予約権割当契約の内容で、変更時の扱いを定めている場合はそれに則ります。なお、変更契約書を締結した場合でも、変更契約書の添付は登記手続きには不要です。
申請書（例）
株式会社変更登記申請書
１．会社法人等番号 0000-00-000000
フリガナ マルマル
１．商号 ○○株式会社
１．本店 東京都○○区○○町○丁目○番○号
１．登記の事由 第○回新株予約権の内容変更
１．登記すべき事項 別紙のとおり
１．登録免許税 金３万円
１．添付書類
株主総会議事録（取締役会議事録又は取締役決定書） １通
（種類株主総会議事録 １通）
株主リスト １通
新株予約権者の同意書 ○通
委任状（代理申請時） １通
上記のとおり登記の申請をします。
令和○年○月○日
申請人
東京都○○区○○町○丁目○番○号
○○株式会社
東京都○○区○○町○丁目○番○号
代表取締役 ○○○○ ㊞
連絡先の電話番号
○○法務局 ○○支局（出張所） 御中
添付書類（例）
クリックすると、記載例が表示されます。
臨時株主総会議事録
1 開催日時 令和〇年〇月〇日（〇曜日）午前〇時
2 開催場所 東京都〇〇区〇〇町〇丁目〇番〇号 当社本店〇〇会議室
3 出席株主数及び議決権数
(1) 株主の総数 〇〇名
(2) 発行済株式の総数 〇〇株
(3) 議決権を行使することができる株主の数 〇〇名
(4) 議決権を行使することができる株主の議決権の数 〇〇個
(5) 出席した株主（委任状による者を含む。）の数 〇〇名
(6) 出席した株主の議決権の数 〇〇個
4 出席した取締役及び監査役
(1) 取締役（○名中○名） 〇〇〇〇、〇〇〇〇及び〇〇〇〇
(2) 監査役（○名中○名） 〇〇〇〇
5 株主総会の議長 代表取締役 〇〇〇〇
6 議事録の作成に係る職務を行った取締役 代表取締役 〇〇〇〇
7 議事の経過の要領及びその結果
定刻、代表取締役〇〇〇〇は、定款第〇条の規定により議長となり、開会を宣し、議事に入った。
［決議事項］
議 案 第○回新株予約権の内容変更の件
議長は、令和○○年○○月○○日をもって、下記のとおり第○回新株予約権の内容の一部を変更したい旨及びその変更の理由を説明し、賛否を議場に諮ったところ、出席株主の議決権の３分の２以上の賛成により原案通り承認可決された。
記
（下線部は変更部分）
| 現行 | 変更案 |
| 「新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法」 本新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、本新株予約権の行使により交付される当社株式１株あたりの払込金額（以下、「行使価額」という。）に各本新株予約権の目的となる株式数を乗じた額とする。 行使価額は、当初１株につき金○○○○円とする。 （以下省略） | 「新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法」 本新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、本新株予約権の行使により交付される当社株式１株あたりの払込金額（以下、「行使価額」という。）に各本新株予約権の目的となる株式数を乗じた額とする。 行使価額は、当初１株につき金●●●●円とする。 （現行どおり） |
以上をもって、本臨時株主総会の議事が全て終了したので、議長は、午前〇時〇分閉会を宣した。
上記の議事を明確にするため、本議事録を作成する。
令和○年○月○日
議事録の作成に係る職務を行った取締役
○○株式会社
代表取締役 ○○○○
※権利行使価額の新旧対照表は、実際の、自社（又はクライアント）の権利行使価額の内容を記載する（以下同様）
書面提出▷（登記上）押印不要
PDF提出▷クラウドサイン・GMOサイン等*で電子署名（代表者）
1.「Cybertrust iTrust Signature Certification Authority」（サイバートラスト株式会社）
▶クラウドサイン（弁護士ドットコム株式会社）▶Great Sign（株式会社TREASURY）
▶Signing (株式会社ネオキャリア）▶SATSIGN (アイテック阪急阪神株式会社）
▶シムワーク（株式会社フォーバルカエルワーク）
▶freeeサイン（フリーサイン株式会社）（旧：NINJA SIGN by freee（株式会社サイトビジット）
▶Governance Cloud（ガバナンスクラウド株式会社）▶ContractS CLM（ContractS株式会社）
▶DX-Sign（株式会社クロスベイター）▶ジンジャーサイン（jinjer株式会社）▶Digital Sign（株式会社デジタルサイン）
▶SignTime（サインタイム株式会社）▶Venus Sign（株式会社シフト）
2.「SECOM Passport for Menber PUB CA4」（セコムトラストシステムズ株式会社）
▶セコム議事録電子化サービス ▶セコムあんしんエコ文書サービス ▶マネーフォワード クラウド契約
3.「SECOM Passport for Member PUB CA8」（セコムトラストシステムズ株式会社）
▶Shachihata Cloud（シヤチハタ株式会社） ▶インターネット版官報（独立行政法人国立印刷局）
4.「DocuSign Cloud Signing CA-SI1」（ドキュサイン・ジャパン株式会社）▶EU Advanced（ドキュサイン・ジャパン株式会社）
5.「Intesi Group Advanced Cloud Signature CA」（INTESI GROUP S.p.A.）▶Adobe Sign（アドビ株式会社）
6.「GlobalSign GCC R6 AATL CA 2020」（GMOグローバルサイン株式会社）
▶電子印鑑GMOサイン（GMOグローバルサイン・ホールディングス株式会社）▶WAN-Sign（株式会社ワンビシアーカイブズ）
▶クラウド契約管理Sign（ラディックス株式会社）▶OneSpan Sign（OneSpan Japan株式会社）※氏名を確認できるもの
▶みんなの電子署名（株式会社ベクター）▶電子取引サービス＠Sign（三菱電機インフォメーションネットワーク株式会社）
▶かんたん電子契約 for クラウド（セイコーソリューションズ株式会社）
▶Nasdaq Boardvantage（Nasdaqテクノロジー株式会社）▶Adobe Sign（アドビ株式会社）
▶ベクターサイン（株式会社ベクター）▶Adobe Acrobat Sign（アドビ株式会社）
▶e-bookAC（株式会社石川コンピュータ・センター）
7.「GlobalSign GCC R45 AATL CA 2020」（GMOグローバルサイン株式会社）
▶電子印鑑GMOサイン（GMOグローバルサイン・ホールディングス株式会社）▶WAN-Sign（株式会社ワンビシアーカイブズ）
▶かんたん電子契約 for クラウド（セイコーソリューションズ株式会社） ▶みんなの電子署名（株式会社ベクター）
▶ベクターサイン（株式会社ベクター）▶WAN-Sign（株式会社ワンビシアーカイブズ）
8.「JCAN Public CA1‐G4」（一般財団法人日本情報経済社会推進協会）
「NSSOL e-Contract-CA-G1」（日鉄ソリューションズ株式会社）
「SECOM Passport for Member PUB CA7」（セコムトラストシステムズ株式会社）
▶CONTRACTHUB@absonne（日鉄ソリューションズ株式会社）
9.「Enterprise Premium Public CA」（三菱電機インフォメーションネットワーク株式会社）
▶電子取引サービス＠Sign（三菱電機インフォメーションネットワーク株式会社）
10.「GlobalSign Atlas R6 AATL CA 2020」 （GMOグローバルサイン株式会社）
▶CMサイン（CM.com Japan株式会社）
11.「DIACERT Service」（三菱電機インフォメーションネットワーク株式会社）
▶リーテックスデジタル契約（リーテックス株式会社）
12.「JCAN Public CA1‐G4」（一般財団法人日本情報経済社会推進協会）
「Nippon RA Certification Authority 4」（日本RA株式会社）
▶paperlogic電子契約(ペーパーロジック株式会社)
参考：電子証明書の取得（法務省）
or
取締役会議事録
1 日時 令和○年○月○日（○曜日）午前○時～午前○時
2 場所 東京都○○区○○町○丁目○番○号 当社本店○○会議室
3 出席した取締役及び監査役
(1) 取締役（○名中○名） ○○○○、○○○○及び○○○○
(2) 監査役（○名中○名） ○○○○
４ 議長 代表取締役 ○○○○
５ 議事の経過の要領及びその結果
定刻、代表取締役○○○○は議長となり、開会を宣し、議事に入った。
議 案
議長は、令和○○年○○月○○日をもって、下記のとおり第○回新株予約権の内容の一部を変更したい旨及びその変更の理由を説明し、本議案の賛否を議場に諮ったところ、全員一致をもってこれを承認可決した。
記
（下線部は変更部分）
| 現行 | 変更案 |
| 「新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法」 本新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、本新株予約権の行使により交付される当社株式１株あたりの払込金額（以下、「行使価額」という。）に各本新株予約権の目的となる株式数を乗じた額とする。 行使価額は、当初１株につき金○○○○円とする。 （以下省略） | 「新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法」 本新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、本新株予約権の行使により交付される当社株式１株あたりの払込金額（以下、「行使価額」という。）に各本新株予約権の目的となる株式数を乗じた額とする。 行使価額は、当初１株につき金●●●●円とする。 （現行どおり） |
以上の決議を明確にするため，この議事録を作成し，出席取締役及び監査役の全員がこれに記名押印又は電子署名する。
令和○年○月○日
○○株式会社
代表取締役 ○○○○ ㊞
取締役 ○○○○ ㊞
取締役 ○○○○ ㊞
監査役 ○○○○ ㊞
取締役決定書
令和○年○月○日，当会社取締役の全員一致（又は過半数）をもって次の事項を決定した。
１ 決定事項
下記のとおり、令和○○年○○月○○日をもって、第○回新株予約権の内容の一部変更を行うこと。
記
（下線部は変更部分）
| 現行定款 | 変更案 |
| 「新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法」 本新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、本新株予約権の行使により交付される当社株式１株あたりの払込金額（以下、「行使価額」という。）に各本新株予約権の目的となる株式数を乗じた額とする。 行使価額は、当初１株につき金○○○○円とする。 （以下省略） | 「新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法」 本新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、本新株予約権の行使により交付される当社株式１株あたりの払込金額（以下、「行使価額」という。）に各本新株予約権の目的となる株式数を乗じた額とする。 行使価額は、当初１株につき金●●●●円とする。 （現行どおり） |
上記の決定を明確にするため，この決定書をつくり，出席取締役がこれに記名押印又は電子署名する。
令和○年○月○日
○○株式会社
代表取締役 ○○○○ ㊞
取締役 ○○○○ ㊞
取締役 ○○○○ ㊞
書面提出▷押印（認印可）
PDF提出▷クラウドサイン・GMOサイン等で電子署名（出席役員）
※取締役会がみなし（書面）決議の場合は代表取締役のみの押印又は電子署名で足りる（ただし、追加で定款の添付も必要となる）
（種類株主総会が必要となる場合）
○種種類株主総会議事録
1 開催日時 令和〇年〇月〇日（〇曜日）午前〇時
2 開催場所 東京都〇〇区〇〇町〇丁目〇番〇号
当社本店〇〇会議室
3 出席株主数及び議決権数
(1) ○種種類株主の総数 〇〇名
(2) 発行済○種種類株式の総数 〇〇株
(3) この議決権を有する総株主数 〇〇名
(4) この議決権の総数 〇〇個
(5) 出席した○種種類株主（委任状による者を含む。）の数 〇〇名
(6) 出席した○種種類株主の議決権の数 〇〇個
4 出席した取締役及び監査役
(1) 取締役（○名中○名） 〇〇〇〇、〇〇〇〇及び〇〇〇〇
(2) 監査役（○名中○名） 〇〇〇〇
5 ○種種類株主総会の議長 代表取締役 〇〇〇〇
6 議事録の作成に係る職務を行った取締役 代表取締役 〇〇〇〇
7 議事の経過の要領及びその結果
定刻、代表取締役〇〇〇〇は、定款第〇条の規定により議長となり、開会を宣し、議事に入った。
［決議事項］
議 案 第○回新株予約権の内容変更の件
議長は、令和○○年○○月○○日をもって、下記のとおり第○回新株予約権の内容の一部を変更したい旨及びその変更の理由を説明し、賛否を議場に諮ったところ、出席株主の議決権の３分の２以上の賛成により原案通り承認可決された。
記
（下線部は変更部分）
| 現行 | 変更案 |
| 「新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法」 本新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、本新株予約権の行使により交付される当社株式１株あたりの払込金額（以下、「行使価額」という。）に各本新株予約権の目的となる株式数を乗じた額とする。 行使価額は、当初１株につき金○○○○円とする。 （以下省略） | 「新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法」 本新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、本新株予約権の行使により交付される当社株式１株あたりの払込金額（以下、「行使価額」という。）に各本新株予約権の目的となる株式数を乗じた額とする。 行使価額は、当初１株につき金●●●●円とする。 （現行どおり） |
以上をもって、○種種類株主総会の議事が全て終了したので、議長は、午前〇時〇分閉会を宣した。
上記の議事を明確にするため、本議事録を作成する。
令和○年○月○日
議事録の作成に係る職務を行った取締役
○○株式会社
代表取締役 ○○○○
書面提出▷（登記上）押印不要
PDF提出▷クラウドサイン・GMOサイン等で電子署名（代表者）
株主リスト（証明書）
次の対象に関する商業登記規則61条２項又は３項の株主は次のとおりであることを証明する。
対象
株主総会等又は
総株主の同意等の別 株主総会
上記の年月日 令和○年○月○日
上記のうちの議案 全議案
| 氏名又は名称 | 住所 | 株式数（株） | 議決権数 | 議決権数の割合 | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 甲野太郎 | 東京都千代田区… | 400 | 400 | 40.0％ |
| 2 | 乙野次郎 | 東京都新宿区… | 300 | 300 | 30.0％ |
| 合計 | 700 | 70.0％ | |||
| 総議決権数 | 1000 | 100％ |
令和○年○月○日
○○株式会社
代表取締役 ○○○○
※１ 新株予約権の内容変更につき、取締役会決議（又は取締役決定）による場合は不要
※２ 種類株主総会決議を要するときは種類株主リストも必要
書面提出▷（登記上）押印不要
PDF提出▷クラウドサイン・GMOサイン等で電子署名（代表者）
第○回新株予約権割当契約書の内容変更の同意書
○○○○は、○○株式会社と○○○○との間で締結した、令和○年○月○日付第○回新株予約権割当契約書の内容の一部につき、下記のとおり変更することに同意した。
記
（下線部は変更部分）
| 現行 | 変更案 |
| 別紙 （１）～（X-１）（省略） （X）新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法 本新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、本新株予約権の行使により交付される当社株式１株あたりの払込金額（以下、「行使価額」という。）に各本新株予約権の目的となる株式数を乗じた額とする。 行使価額は、当初１株につき金○○○○円とする。 （以下省略） | 別紙 （１）～（X-１）現行通り （X）新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法 本新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、本新株予約権の行使により交付される当社株式１株あたりの払込金額（以下、「行使価額」という。）に各本新株予約権の目的となる株式数を乗じた額とする。 行使価額は、当初１株につき金●●●●円とする。 （現行どおり） |
令和○年○月○日
東京都〇〇区〇〇町〇丁目〇番〇号 ○○○○
書面提出▷（登記上）押印不要
PDF提出▷クラウドサイン・GMOサイン等で電子署名（予約権者）
（司法書士に委任する場合）
委任状
東京都〇〇区〇〇町〇丁目〇番〇号
司法書士事務所○○ 司法書士 ○○○○
私は，上記の者を代理人に定め，次の権限を委任する。
１ 当会社の第●回新株予約権の内容の変更登記の申請に関する一切の件
１ 原本還付の請求及び受領の件
令和○年○月○日
東京都〇〇区〇〇町〇丁目〇番〇号
○○株式会社
代表取締役 ○○○○ ㊞ 会社実印
書面提出▷会社実印
PDF提出▷商業登記電子証明書・マイナンバーカード等で電子署名
（参考）
▷商業登記電子証明書の取得（オンライン）
▷商業登記電子証明書で電子署名（PDF方式）
▷商業登記電子証明書で電子署名（XML方式）
▷マイナンバーカードで電子署名（PDF方式）
▷マイナンバーカードで電子署名（XML方式）
登録免許税
３万円（登税別表第一第24号（一）ツ）
※複数回の新株予約権の内容を変更する場合でも、1件の申請で変更登記を行う場合には3万円のみ
登記すべき事項（別紙例）
※１ 自社（又はクライアント）の変更対象の新株予約権の登記されている事項のうち「新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法」の行使価額（金○○○○円）の箇所を、変更後の行使価額（金●●●●円）に変更したものを登記事項とします（各社によって登記されている文言は異なるため、以下の例をコピペしても意味はありません）
※２ 変更後の新株予約権の行使価額箇所のみ（「行使価額は、当初１株につき金●●●●円とする。」）を登記すべき事項とせず、「新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法」全体を登記する必要があります（変更のない調整式等も含めて記載する）
「新株予約権の名称」
第○回新株予約権
「新株予約権の行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法」
本新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、本新株予約権の行使により交付される当社株式１株あたりの払込金額（以下、「行使価額」という。）に各本新株予約権の目的となる株式数を乗じた額とする。
行使価額は、当初１株につき金●●●●円とする。
ただし、本新株予約権割当日の後、下記の各事由が生じた場合は、払込価額をそれぞれ調整するものとする。なお、調整の結果生じる１円未満の端数は、これを切り上げるものとする。
①当社が普通株式の分割または併合を行う場合
１
調整後行使価額 ＝ 調整前行使価額 × ―――――――――――――――
分割・併合の比率
②当社が時価を下回る価額で新株式を発行または自己株式を処分する場合
新規発行株式数 ×１株あたり払込金額
既発行 ───────────────────
調整後 調整前 株式数 ＋ １株あたりの新株式発行前の株価
行使価額 ＝ 行使価額 × ─────────────────────────
既発行株式数 ＋ 新規発行株式数
なお、上記算式において、「既発行株式数」とは、当社発行済株式数から、当社が保有する自己株式の総数を控除した数とし、また、自己株式の処分を行う場合には、「新規発行株式数」を「処分する自己株式数」に、「新株式発行前の株価」を「処分前の株価」に、それぞれ読み替えるものとする。
③当社が資本の減少、合併または会社分割を行う場合等、行使価額の調整を必要とするやむを得ない事由が生じたときは、資本減少、合併または会社分割の条件等を勘案の上、合理的な範囲で行使価額を調整するものとする。
「変更年月日」令和○年○月○日
登記期限
変更が生じたときから2週間以内（会社法915条1項）
参考文献
松井信憲著『商業登記ハンドブック（第４版）』（商事法務,2021）
太田洋/山本憲光/柴田寛子編『新株予約権ハンドブック（第５版）』（商事法務,2022）
江頭憲治郎著『株式会社法 （第８版）』（有斐閣,2021）
江頭憲治郎編『会社法コンメンタール６ 新株予約権』（商事法務,2009）
堀恩恵「実務相談室 分離型新株引受権付社債における社債の全部償還後の新株引受権の行使期間の変更登記の可否」旬刊商事法務1534号106～108頁
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